Noorte Kotkaste organisatsioon on Kaitseliidu struktuurüksus, mille juhiks on Noorte Kotkaste peavanem. 2007. aastast alates on peavanema ametis Silver Tamm.
Organisatsiooni kõrgeim juhtorgan on keskkogu, kuhu kuuluvad Noorte Kotkaste peavanem, malevate pealikud ja igast malevast üks maleva pealikekogul kolmeks aastaks valitud täiskasvanud noortejuht.
Noorte Kotkaste juhtorgan on keskjuhatus, kuhu kuuluvad Noorte Kotkaste peavanem, üks peavanema määratud peavanema abi ja kolm Noorte Kotkaste keskkogu poolt kolmeks aastaks valitud täiskasvanud noortejuhti. Keskjuhatuse liikme kandidaadi esitab Noorte Kotkaste maleva juhatus.
Noorte Kotkaste peavanema vahetus alluvuses on Noorte Kotkaste vabatahtlikud malevapealikud, kes juhivad noortejuhtide tegevust Noorte Kotkaste malevates. Maleva kõrgeim juhtorgan on Noorte Kotkaste maleva pealikekogu, kuhu kuuluvad malevkonna- ja rühmapealikud ning nende abid. Noorte Kotkaste maleva juhtorgan on maleva juhatus, kuhu kuulub malevapealik, tema abi ja kolm kolmeks aastaks pealikekogult valitud noortejuhti.
Malevapealiku alluvuses on malevkonnapealikud, rühmapealikud ning nende abid. Malevkonna juhtorgan on malevkonna juhatus, kuhu kuulub malevkonnapealik, tema abi ja kaks kolmeks aastaks pealikekogult valitud noortejuhti.
Rühmapealik juhib Noorte Kotkaste rühma ning salgapealik korraldab rühmapealiku juhendamisel rühmas salga tegevust. Rühma- ja salgapealikul võib olla ka abi.
Malevas toetab malevapealiku ja maleva igapäevast tööd palgaline noorteinstruktor, kes saab suunised ja ülesanded Noorte Kotkaste peavanemalt.
Täpsemalt loe Noorte Kotkaste juhtimisest ja juhtorganitest Noorte Kotkaste põhikirjast!