Noorte Kotkaste organisatsioon jaguneb piirkondlikeks allüksusteks. Neist suurimad on malevad, mis enamus kattuvad Eesti maakonnapiiridega ning neid on samuti kokku 15. Noorte Kotkaste maleva moodustavad Kaitseliidu ühe maleva territooriumil tegutsevad malevkonnad ja/või rühmad.
Malevkond on vähemalt 90 liikmest koosnev kindlaks määratud territooriumiga maleva allüksus.
Noorte Kotkaste rühm on kuni neljast salgast koosnev maleva või malevkonna allüksus. Rühmal võib olla oma embleem ja oma värvides kaelarätt.
Salk on vähemalt neljast noorliikmest koosnev allüksus. Salgal on rühma üldkoosolekul valitud salgapealik.